Dando seguimento ao processo de aprendizagem de 1º ciclo, o Departamento, disponibiliza uma oferta de 2º ciclo ainda mais especializada visando a aquisição de competências de natureza profissional. O grau de mestre é conferido aos que, através da aprovação em todas as unidades curriculares que integram o plano de estudos do curso de mestrado e da aprovação no ato público de defesa da dissertação, do trabalho de projeto ou do relatório de estágio, tenham obtido o número de créditos fixado. Constituem oferta formativa atual os mestrados em Contabilidade e Fiscalidade, Controlo de Gestão, Economia Azul e Circular, Empreendedorismo e Inovação, Gestão, Finanças Empresariais, International Business e Marketing Relacional.